国内のリンゴ品種は主に７つの起源品種に由来しているため、１４種類のハプロタイプが存在すると考えられる。これらのハプロタイプの遺伝を正しく追跡することができれば、国内品種が持つ性質の多様性を、より正確に理解できる可能性がある。
東京大学、農研機構および九州大学の研究グループは、国内のリンゴ品種群において、主な起源品種のハプロタイプの遺伝を自動的に追跡する方法を開発。ゲノムワイド関連解析では、果皮の着色が良いリンゴの育成に利用されてきた可能性がある起源品種のハプロタイプを明らかにした。ゲノミックセレクション予測モデルの評価では、果実のリンゴ酸含量などを高い精度で予測でき、品種改良の効率化が期待される。

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