原因は、培養土（育苗度）の土の湿り具合が均一でないところにあると考えます。

発芽には、
（１）タネが充分水分を吸収すること、
（２）発芽温度に達していること、
（３）光線（明るさ）の３つが関係します。

私も同様の経験がありますが、そのような状態を改善するため、培養土をあらかじめ湿らせ（バケツ等に入れて水を注ぎ十分湿らせる）、その後トレーに均一に入れ、タネをまくようにしています。さらに、その上に濡らした新聞紙か不織布をかけておくと、発芽条件がよくなります。
培養土はいろいろな材料が混合されており、水になじみにくいものが混ざっている場合もあります。上記を参考に発芽を揃えるとよいでしょう。